新的企业所得税法实行的是法人所得税制，即纳税人设立的分支机构由法人总机构统一计算申报纳税。但是，为了有效解决法人所得税制度下税源跨省市转移问题，财政部、国家税务总局、中国人民银行制定了《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财预[2008]10号），国家税务总局也制定下发了《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号），以上两个《办法》解决了跨省市总分机构所得税计算及分配问题。但是，实际中，由于对上述政策存在不同理解，在计算所得税时也就存在不同的计算方法。
例如，某总机构计算2008年6月累计实现利润额为200万元。下属四个跨省市设立的二级非法人分支机构适用税率及税款分配基期年度三项指标如下：分支机构一和分支机构二适用25%税率，分支机构三和分支机构四适用15%税率；分支机构合计经营收入总额为1000万元、工资总额为100万元，资产总额为1500万元。其中，机构一对应三项指标基数分别为400万元、10万元、500万元；机构二为300万元、20万元和400万元；机构三为200万元、30万元和300万元；机构四为100万元、40万元和300万元。
根据国税发[2008]28号第十六条规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法规定的比例和规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
计算方法之一：将全部应纳税所得额在不同税率的分支机构之间进行分配，再计算总分机构应分配的所得税额。计算过程如下：
1.首先计算25%税率地区的应纳税所得额。计算为：200*[（700/1000）*0.35+（30/100）*0.35+（900/1500）*0.3]=106（万元）。应纳税额为：106*25%=26.5（万元）。
因此，总机构就地预缴50%为13.25万元（26.5*50%），另外50%即13.25万元所得税额在分支机构一和分支机构二之间按各自三因素占两个机构合计数比重进行分配，计算机构为分支机构一为6.41万元，分支机构二为6.84万元。
2.其次计算15%税率地区的应纳税所得额。计算为：200*[（300/1000）*0.35+（70/100）*0.35+（600/1500）*0.3]=94（万元）。应纳税额为：94*15%=14.1（万元）。
同上，总机构就地预缴50%为7.05万元（14.1*50%），另外50%即7.05万元所得税额在分支机构三和分支机构四之间按各自三因素占两个机构合计数比重进行分配，计算机构为分支机构三为3.76万元，分支机构四为3.29万元。
按方法一计算结果，总机构分配税款为20.3万元。但是上述计算存在两个问题：一是总机构没有参与应纳税所得额的分配，只是在不同税率分支机构全部分配所得额计算税款后，再参与分配；二是总机构适应的所得税率是25%，但由于从15%税率的分支机构中分配了50%的税款，所以总机构分配的税款税率不是按25%税率计算而来。显然，方法一是不正确的。
计算方法之二：将全部应纳税所得额在总分机构之间进行分配，再分别计算应纳税款。计算过程如下：
1.200万元应纳税所得额按50%分配给总机构，总机构应纳税额为：200*50%*25%=25（万元）。
2.计算各分支机构应分配所得额和应纳税额。
分支机构一应分配所得额：100*[400/1000*0.35+10/100*0.35+500/1500*0.3]=27.5（万元）；应纳税额为：27.5*25%=6.875（万元）。
分支机构二应分配所得额：100*[300/1000*0.35+20/100*0.35+400/1500*0.3]=25.5（万元）；应纳税额为：25.5*25%=6.375（万元）。
分支机构三应分配所得额：100*[200/1000*0.35+30/100*0.35+300/1500*0.3]=23.5（万元）；应纳税额为：23.5*15%=3.525（万元）。
分支机构四应分配所得额：100*[100/1000*0.35+40/100*0.35+300/1500*0.3]=23.5（万元）；应纳税额为：23.5*15%=3.525（万元）。
按以上方法二计算，不仅解决了方法一计算中存在的两个问题，而且符合国税发[2008]28号第十六条规定，同时也符合财预[2008]10号第一条如下规定：统一计算，是指居民企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业全部应纳税所得额、应纳税额。总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别计算应纳税所得额、应纳税额，分别按适用税率缴纳 |
